Ein zentrales Organ der Hochschule Geisenheim ist der Hochschulrat. Seine acht Mitglieder werden durch das Hessische Ministerium für Wissenschaft und Kunst (HMWK) auf vier Jahre bestellt. Die Bestellung erfolgt dabei jeweils zur Hälfte auf Vorschlag der Hochschule Geisenheim und des HMWK. Ausgewählt werden Personen aus verantwortungsvollen Positionen in der Gesellschaft, insbesondere in Wissenschaft, Wirtschaft oder Kultur. Der Hochschulrat berät das Präsidium der Hochschule Geisenheim und übt die Aufsicht über dessen Geschäftsführung aus. Er kann alle Unterlagen der Hochschule einsehen und prüfen.
Zu seinen Aufgaben gehört unter anderem die Mitwirkung an der Wahl oder Abwahl der Mitglieder des Präsidiums, die Feststellung des Jahresabschlusses und die Stellungnahme zum Rechenschaftsbericht. Seiner Zustimmung bedürfen wichtige Entscheidungen der Hochschule, etwa über den Budgetplan sowie die Einrichtung und Aufhebung von Studiengängen.
Am 15.11.2018 wurde in der Sitzung des Hochschulrats der neue Vorsitzende gewählt:
Dr. Georg F. Backhaus
Ehemaliger Präsident Julius Kühn-Institut
Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen in Quedlinburg
Dr. Georg F. Backhaus (Vorsitzender)
Ehemaliger Präsident des Julius Kühn-Instituts
Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen in Quedlinburg
Dr. Christoph-Friedrich von Braun, M. Sc.
Vorstand Andrea von Braun Stiftung
Dipl.-Ing. Christof Heil
Geschäftsführender Gesellschafter Kelterei Heil OHG
Beratend