Markus Schwarzer studierte Landschaftsarchitektur und Landschaftsplanung am Wissenschaftszentrum Freising-Weihenstephan, der Technischen Universität München. Eine Ausbildung und Berufstätigkeit im Garten- und Landschaftsbau absolvierte er zuvor in Heidelberg und Erlangen. Nach dem Studium promovierte er im DFG-Graduiertenkolleg „Interdisziplinäre Umweltgeschichte“ an der Georg-August-Universität Göttingen. Seine Doktorarbeit „Von Mondlandschaften zur Vision eines neuen Seenlandes. Der Diskurs über die Gestaltung von Tagebaubrachen in Ostdeutschland“ erschien 2014 bei Springer VS in der Reihe RaumFragen: Stadt – Region – Landschaft. Markus Schwarzer ist seit 2012 wissenschaftlicher Mitarbeiter am Fachgebiet Landschaftsentwicklung/Umwelt- und Planungsrecht (Prof. Dr.-Ing. Dr. iur. Andreas Mengel) an der Universität Kassel. Dort ist er tätig in Lehre und Forschung, u.a. in Drittmittelprojekten zur Steuerung erneuerbarer Energien im Rahmen der Landschafts- und Regionalplanung, zur Methodik der Eingriffsreglung  im bundesweiten Vergleich und zu bedeutsamen Landschaften in Deutschland. Seit Oktober 2017 ist Markus Schwarzer Vertretungsprofessor für Landschaftsplanung an der Hochschule Geisenheim University.